จากการประกาศของกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา เรื่องให้มหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติอยู่ภายใต้คำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ที่ 39/2559 เรื่องการจัดระเบียบและแก้ไขปัญหาธรรมาภิบาลในสถาบันอุดมศึกษา ลงวันที่ 12 กรกฎาคม พุทธศักราช 2559 ซึ่ง ลงประกาศ โดยนายพิพัฒน์ รัชกิจประการ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา และมีผลทันที จากที่ลงประกาศในราชกิจจานุเบกษา วันที่ 21 ก.พ.2566

และเมื่อวันที่ 22 ก.พ.2566 นายปริวัฒน์ วรรณกลาง อธิการบดีมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ อธิการบดีที่ถูกใช้คำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติในครั้งนี้ ได้ยื่นหนังสือลาออกจากการเป็นอธิการบดี ตั้งแต่วันที่ 22 ก.พ.2566 เป็นที่เรียบร้อยแล้ว

ซึ่งจากผลของการลาออกจากการเป็นอธิการบดีของนายปริวัฒน์นั้น จะส่งผลต่อการออกจากตำแหน่งอุปนายกสภามหาวิทยาลัย ทำหน้าที่แทนนายกสภามหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติอีกตำแหน่งหนึ่งด้วย แล้วนอกจากนั้นยังมีผลต่อเนื่องถึงผู้ที่เข้าสู่ตำแหน่งเช่นรองอธิการบดี ผู้ช่วยอธิการบดีประจำวิทยาเขตต่าง ๆ ทั้ง 17 วิทยาเขตทั่วประเทศและส่วนกลาง  ทั้งหมดมากเกิน 100 คน ซึ่งแต่งตั้งตามอำนาจของผู้ที่ได้มาเป็นอธิการบดี ก็ต้องออกจากตำแหน่งในคราวเดียวกันนั้น

ล่าสุดผู้สื่อข่าวรายงานเมื่อ 24 ก.พ.2566 ว่าเมื่อวันที่ 23 ก.พ.2566 มีหนังสือด่วนที่สุดจากปลัดกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา ได้แจ้งคำสั่งกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬาที่ 57/2566 เรื่องให้ผู้ดำรงตำแหน่งพ้นจากตำแหน่งหน้าที่และแต่งตั้งบุคคลให้ปฏิบัติหน้าที่ในมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ ที่ลงนามโดยรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการท่องเที่ยว ถึงผู้เกี่ยวข้องโดยสรุปคือ

 1.ให้ผู้ดำรงตำแหน่งนายกสภามหาวิทยาลัยและกรรมการสภามหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ ที่ปฏิบัติหน้าที่อยู่ในวันที่คำสั่งนี้ใช้บังคับ พ้นจากตำแหน่งหน้าที่

 2.ให้ผู้ดำรงตำแหน่งอธิการบดีหรือผู้รักษาราชการแทนอธิการบดี และรองอธิการบดีมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติที่ปฏิบัติหน้าที่อยู่ในวันที่คำสั่งนี้ใช้บังคับ พ้นจากตำแหน่งหน้าที่

 3.แต่งตั้งคณะบุคคล ปฏิบัติหน้าที่แทนสภามหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ โดยมีพลตำรวจเอก สุนทร ซ้ายขวัญ เป็นประธานกรรมการ มีกรรมการประกอบด้วยหม่อมหลวงพัชรภากร เทวกุล พลเอกพอพล มณีรินทร์ นายกุศล แย้มสะอาด นางญาใจ พัฒนะสุขวสันต์ นายถกล นันธิราภากร นายแพทย์พิชญา นาควัชระ นายวิษณุ ไล่ชะพิษ นางศรีสุดา วนภิญโญศักดิ์

 โดยคณะบุคคลดังกล่าวนี้มีอำนาจหน้าที่คือ ปฏิบัติหน้าที่แทนสภามหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ พ.ศ.2562 และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง, ให้แต่งตั้งบุคคลที่ไม่ใช่กรรมการข้างต้น เป็นเลขานุการสภามหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ, ให้จัดระเบียบแก้ไขปัญหาธรรมาภิบาลในมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติ, ให้หารือกับคณะกรรมการสรรหาอธิการบดีฯ เพื่อพิจารณาเลือกอธิการบดีคนใหม่ภายใน 180 วันนับตั้งแต่วันที่มีคำสั่งแต่งตั้ง, ทบทวนและพิจารณาสำนวนรายงานผลการสอบสวนทางวินัยอย่างร้ายแรงของนายปริวัฒน์ วรรณกลาง ให้แล้วเสร็จภายในวันที่ 30 ก.ย.2566, แต่งตั้งให้นายวิษณุ ไล่ชะพิษ ปฏิบัติหน้าที่อธิการบดีมหาวิทยาลัยการกีฬาแห่งชาติอีกตำแหน่งหนึ่ง และให้ผู้ที่ปฏิบัติหน้าที่ในวันที่คำสั่งนี้ใช้บังคับและพ้นจากตำแหน่งนี้ตามคำสั่งนี้ ให้ส่งมอบงานในหน้าที่ บัญชี รายงานทางการเงินและทรัพย์สินของมหาวิทยาลัยให้กับผู้ปฏิบัติหน้าที่อธิการบดีฯตามคำสั่งนี้ภายในสามวันทำการ นับแต่วันที่คำสั่งนี้มีผลใช้บังคับ.